Jeg havde lidt samme problem her i sidste uge, med en masse opdaterings mapper på min externe hdd som var blevet oprettet af et antivirus program på en tidligere windows installation.
Dem kunne jeg heller ikke slette eller noget som helst overhovedet, der var intet at gøre.
Min løsning blev ( som klart ikke er den nemmeste, hvis man ikke har en i nærheden ) at slutte disken til en linux pc. Derfra (det var Ubuntu) kunne man slette (og sikkert og i dit tilfælde flytte) alle de mapper som voldte problemer.
Prøv det hvis du har en linus pc i nærheden.
Ellers prøv at boote op på en live cd som BartPE eller UBCD og fjern det derfra.