Ja X48 chipset køre med fuld speed PCI-e 2.0 X16 på begge porte, kan ikke rigtig udtale mig om det GigaByte bundkort da jeg ikke har hørt noget om det på forums eller læst reviews af det, men normalt laver GigaByte rigtig gode bundkort og dette er sikkert også et godt bundkort.
Gigabyte laver fine boards og jo deres X38/X48 har 2 stk PCI Express 2.0 x16 porte. 
Jeg ville nok kigge på noget P45 fra gigabyte, godt nok kun 2x8 pcie til CF, men om der reelt er noget at tabe over 2x16 nå nu de begge køre pcie 2.0 ved jeg ikke.
En ting er sikkert, og det er at de OCer LANGT bedre, lavere strøm forbrug, mindre varme, bedre mem controller.
*Edit*
Her er lidt fra de nye P45 kort
http://www.octeamdenmark.com/forums/showthread.php?t=2076